Варианты подключения МИС к ЕГИСЗ
1. Через региональную ГИС

Если ваша организация работает в ОМС, то в этом случае интеграция происходит через региональные государственные подсистемы. Такое можно встретить в бюджетных больницах или поликлиниках.
2. Создание собственной IT инфраструктуры
Если частная клиника не работает в ОМС, то первый способ ей не доступен и приходится создавать подключение «напрямую», либо через оператора иных информационных систем.
В первом случае разработчики МИС или технические специалисты организации создают свой собственный защищённый канал связи и дорабатывают программы, чтобы передавать сведения «напрямую» в госсистему.

Такой способ является самым затратным. В некоторых случаях потребуется «вложиться» почти на 500 тысяч, чтобы настроить прямую передачу данных.
3. Подключение к ЕГИСЗ через оператора ИИС

В России действуют несколько организаций имеющих право на оказание услуг по передачи информации в государственную систему. Их полномочия закреплены в П.П. РФ №555.
Эти операторы обладают аккредитацией и имеют собственную крипто-защиту для отправки сведений с учетом требований Приказа 17 ФСТЭК РФ от 11.02.13 "Об утверждении Требований о защите информации".
Частной клиники необходимо выбрать одного из аттестованных операторов и заключить с ним соглашение.
При выборе необходимо учитывать совместимость с вашей МИС.
В некоторых случаях придется внести доработки в вашу медицинскую программу, либо поменять её на другую, которая совместима с ИИС на передачу сведений в ЕГИСЗ.
Так как связь между МИС и оператором будет происходить через интернет, то следует настроить защищенный канал связи. Он позволит избежать утечки конфиденциальных данных пациентов.
Создать безопасное соединение должны программисты клиники, если такая услуга не входит в перечень работ разработчиков вашего медицинского ПО.
Например, можно использовать специализированные программы для шифрования трафика - VipNet. Подробнее можно прочитать в этой статье: https://egiszmed.ru/blog/kak-ustanovit-vipnet/